クリーンルームとは、JIS（日本工業規格）の定義によると「コンタミネーションコントロールの行われている限られた部屋であって、空気中における浮遊微粒子、浮遊微生物及び分子状汚染物質が限定された清浄度レベル以下に管理され、また、その部屋に供給される材料、薬品、水などについても要求される清浄度が保持され、必要に応じて、温度、湿度、圧力などの環境条件についても管理状態にある部屋」とされています。

クリーンルームでは空気中のほこり等を限りなく少なくすることが重要ですが、どの程度クリーンな状態かを示す値が清浄度（クラス）です。ほこりの他にも、例えば病院にとっては無菌の状態を求められます。食品工場も同様で、さらに温度や湿度をコントロールする必要があります。

これらの環境を実現するために、空気中の微粒子を低減したり、温度や湿度、圧力、微量ガス成分、静電気、微振動、電磁波等を制御できる部屋がクリーンルームです。

一方、病原菌や遺伝子組み換え体などの取り扱いには、周囲環境より陰圧にした部屋で、外部へ微生物が漏えいしないような気密なルームが必要です。
これが、バイオハザード対策室（BSL-3）です。また、IPS細胞などの細胞加工には、CPFが用いられます。